حصل معهد جنوب مصر للأورام على الاعتماد الأكاديمي من الهيئة القومية لضمان جودة التعليم والاعتماد ليحتل بذلك المرتبة التاسعة على مستوى كليات جامعة أسيوط فى الحصول على الاعتماد وذلك بعد كليات العلوم ، الهندسة ، الطب البيطري ، الطب البشرى ، الصيدلة ، الزراعة ، التربية والآداب .
وقد أكد الدكتور مصطفى الشرقاوي عميد المعهد أن بذلك القرار يكون معهد جنوب مصر للأورام أول معهد أكاديمي مانح لدرجتي الماجستير والدكتوراه في مصر ليحصل على الاعتماد ، وهو ما يُعد فخراً ونجاحاً جديداً يضاف إلى سجل إنجازات جامعة أسيوط ، موضحاً أن رحلة الحصول على الاعتماد بدأت منذ عام 2009 بمشروع إنشاء وحدة ضمان الجودة بالمعهد والذي استغرق عام ثم أعقبه في 2012 التقدم في الدورة السابعة لمشروع CIQAP، كما تم في 2013 التقدم في الدورة الثامنة لنفس المشروع .
وقد أضاف عميد المعهد أن خلال تلك السنوات نجح المعهد فى إنجاز عدد من الخطوات الهامة للتأهيل للاعتماد وذلك بفضل عمل مستمر ومجهود وتنسيق متواصل تعاون فيه أعضاء هيئة التدريس ومعاونيهم والعاملين به والذي تتضمن تطوير منظومة العمل بوحدة ضمان الجودة من خلال لائحتها الداخلية بما يضمن تعزيز الأنشطة والمهام للحصول على الاعتماد وكذلك إعداد تقارير سنوية لمتابعة أداء المعهد منذ 2013 وحتى 2016 والتي أظهرت قيام المعهد بأنشطة المتابعة والتطوير مع التقييم الأداء فيما يخص القدرة المؤسسية والفاعلية التعليمية للمعهد وتأهيله للاعتماد ، كما تم كذلك وضع خطة إستراتيجية للعمل في الفترة من 2012 إلى 2017 والتي تم تقييمها من قبل لجنة للمراجعة ، وذلك لتحديد مستويات الإنجاز للأهداف الإستراتيجية خلال السنوات السابقة وتحليل مستويات الإنجاز وتحديد أسباب النجاح والقصور في التنفيذ وذلك لتطوير مستوى الأداء وتقدمه بشكل مستمر .